Na seleção, defende a Macedónia do Norte Feminino Sub-17. Atua principalmente como Avançado.

Na Campeonato da Europa Feminino de Sub-19 da UEFA 2025-2026, Emili Mitkovska marcou 1 golos e deu 1 assistências em 3 jogos, média de 0.3 gol por jogo, 0 remates e 0 no gol.