Na seleção, defende a Eslováquia Feminino Sub-17. Atua principalmente como Avançado.

Na Campeonato da Europa Feminino de Sub-19 da UEFA 2025-2026, Michaela pekarova marcou 2 golos e deu 2 assistências em 3 jogos, média de 0.7 gol por jogo, 0 remates e 0 no gol.