Atualmente joga pelo Phönix Lübeck, com a camisa número 10. Atua principalmente como Avançado. Valor de mercado atual: 125K €.

Última movimentação: do SV Eichede para o Phonix Lubeck em 2022-07-01.

Na Regionalliga alemã 2025-2026, Jonathan Stöver marcou 2 golos e deu 0 assistências em 3 jogos, média de 0.7 gol por jogo, 0 remates e 0 no gol.