Atualmente joga pelo Sportivo Ameliano, com a camisa número 6. Atua principalmente como Médio. Medindo 179cm e pesando 76kg.

Em 8 jogos na Primeira Divisão Paraguaia 2026, Jonathan Daniel Benítez Benítez fez 0 golos e 0 assistências, com 3 passes chave de 289 totais e 27.9% de precisão.