Na seleção, defende a Ilhas Faroé Sub-21. Atua principalmente como Defesa.

Na Qualificação para o Campeonato da Europa de Sub-21 da UEFA 2025-2027, Jákup Norðoy Vilhelmsen jogou 6 jogos, média de 0 desarmes, 0 interceptações e 0 limpesas por jogo, além de 0 remates bloqueados.