Na seleção, defende a Nicarágua (feminino). Atua principalmente como Meio-campo.

Em 3 jogos na Classificação para a Copa do Mundo Feminina da FIFA (CONCACAF) 2026, Nathaly Denice Silva fez 1 gols e 1 assistências, com 3 passes chave de 98 totais e 24% de precisão.