Na seleção, defende a África do Sul (feminino). Atua principalmente como Defensor.

Na Copa Africana de Nações Feminina da CAF 2025, Lonathemba Mhlongo jogou 6 jogos, com média de 0.3 desarmes, 0.2 interceptações e 1.7 limpadas por jogo, além de 0 chutes bloqueados.