Atualmente joga pelo Phonix Lübeck, com a camisa número 10. Atua principalmente como Atacante. Valor de mercado atual: 125K €.

Última movimentação: do SV Eichede para o Phonix Lubeck em 2022-07-01.

Na Regionalliga Alemã 2025-2026, Jonathan Stöver marcou 2 gols e deu 0 assistências em 3 jogos, com média de 0.7 gol por jogo, 0 chutes e 0 no gol.