Na seleção, defende a Ilhas Faroe Sub-21. Atua principalmente como Defensor.

Na Eliminatórias do Campeonato Europeu Sub-21 da UEFA 2025-2027, Jákup Norðoy Vilhelmsen jogou 6 jogos, com média de 0 desarmes, 0 interceptações e 0 limpadas por jogo, além de 0 chutes bloqueados.