Ia bermain terutama sebagai Bek.

Perpindahan terakhirnya adalah dari Granada CF U19 ke Recreativo Huelva pada 2025-06-30.

Sepanjang RFEF Divisi Ketiga Spanyol 2025-2026, Juanjo Flores tampil dalam 10 pertandingan, dengan rata-rata 0 tekel, 0 intersepsi, dan 0 sapuan per pertandingan, serta memblokir 0 tembakan per pertandingan.