Saat ini ia bermain untuk Cancun, mengenakan kaus bernomor 3. Ia bermain terutama sebagai Bek. Tinggi badannya 177 cm dan berat badannya 76 kg. Nilai pasar saat ini diperkirakan sebesar 200K €.

Perpindahan terakhirnya adalah dari Pioneros de Cancún ke Cancun FC pada 2024-01-01.

Sepanjang Meksiko Ascenso MX 2025-2026, Jonathan Hernandez tampil dalam 20 pertandingan, dengan rata-rata 0 tekel, 0 intersepsi, dan 0 sapuan per pertandingan, serta memblokir 0 tembakan per pertandingan.