Di tingkat internasional, ia mewakili Kepulauan Faroe U21. Ia bermain terutama sebagai Bek.

Sepanjang Kualifikasi Kejuaraan Eropa U21 2025-2027, Jákup Norðoy Vilhelmsen tampil dalam 6 pertandingan, dengan rata-rata 0 tekel, 0 intersepsi, dan 0 sapuan per pertandingan, serta memblokir 0 tembakan per pertandingan.