Saat ini ia bermain untuk Tartu JK Welco, mengenakan kaus bernomor 24. Ia bermain terutama sebagai Bek. Nilai pasar saat ini diperkirakan sebesar 25K .

Perpindahan terakhirnya adalah Pinjaman dari JK Welco Elekter ke Tartu JK Maag Tammeka pada 2026-12-30.

Sepanjang Esiliiga Estonia 2025, Mihkel Sepp tampil dalam 17 pertandingan, dengan rata-rata 0 tekel, 0 intersepsi, dan 0 sapuan per pertandingan, serta memblokir 0 tembakan per pertandingan.