Ia bermain terutama sebagai Penyerang.

Perpindahan terakhirnya adalah dari SC Paderborn 07 Youth ke SC Paderborn 07 U17 pada 2025-07-01.

Pada musim Kejuaraan Eropa U17 2025-2026, Jakov Stojkovski mencetak 1 gol dan memberikan 0 assist dalam 2 penampilan, dengan rata-rata 0.5 gol per pertandingan dari 0 percobaan tembakan dan 0 tepat sasaran.