Saat ini ia bermain untuk Thisted FC, mengenakan kaus bernomor 26. Ia bermain terutama sebagai Bek.

Perpindahan terakhirnya adalah dari Thisted FC ke VSK Arhus pada 2024-07-31.

Sepanjang Piala Denmark 2025-2026, Ebbe Facius tampil dalam 2 pertandingan, dengan rata-rata 0 tekel, 0 intersepsi, dan 0 sapuan per pertandingan, serta memblokir 0 tembakan per pertandingan.