Actualmente juega para el CSKA Moscú Femenino, con el dorsal 13. Juega principalmente en la posición de Defensor.

Durante la temporada 2025 de la Premier League femenina rusa, margarita manuilova participó en 10 partidos, con un promedio de 0 entradas, 0 intercepciones y 0 despejes por partido, además de bloquear 0 tiros por partido.