Actualmente juega para el CSD Municipal, con el dorsal 18. Juega principalmente en la posición de Defensor. Su valor de mercado actual se estima en 350K €.

Durante la temporada 2025-2026 de la Liga Nacional de Guatemala, jonathan franco participó en 26 partidos, con un promedio de 0 entradas, 0 intercepciones y 0 despejes por partido, además de bloquear 0 tiros por partido.