Actualmente juega para el Club Deportivo San José, con el dorsal 36. Juega principalmente en la posición de Centrocampista.

Su último movimiento fue un del Gualberto Villarroel San José al Primero de Mayo F.C. el 2025-03-01.

En 13 presencias en la temporada 2024 de la Primera División de Bolivia, Yonathan taborga registró 0 goles y 0 asistencias, además de completar 0 pases clave de un total de 0 pases con una precisión de pases de -.