Actualmente juega para el Rubio Ñu, con el dorsal 9. Juega principalmente en la posición de Delantero.

En la temporada 2026 de la Primera División Paraguaya, Pedro Federico Báez Benítez marcó 1 goles y dio 0 asistencias en 5 presencias, con un promedio de 0.2 goles por partido, 8 tiros intentados y 4 tiros al palmarés.