A nivel internacional, representa a la Eslovaquia femenina sub-17. Juega principalmente en la posición de Delantero.

En la temporada 2025-2026 de la Campeonato de Europa Femenino Sub-19 de la UEFA, Michaela pekarova marcó 2 goles y dio 2 asistencias en 3 presencias, con un promedio de 0.7 goles por partido, 0 tiros intentados y 0 tiros al palmarés.