Actualmente juega para el Gimnasia de Jujuy, con el dorsal 6. Juega principalmente en la posición de Centrocampista. Su valor de mercado actual se estima en 25K €.

Su último movimiento fue un del Gimnasia y Esgrima de Jujuy II al Gimnasia Jujuy el 2022-06-22.

En 2 presencias en la temporada 2026 de la Primera Nacional de Argentina, Juan Córdoba registró 0 goles y 0 asistencias, además de completar 0 pases clave de un total de 0 pases con una precisión de pases de -.