Actualmente juega para el Bragantino B, con el dorsal 42. Juega principalmente en la posición de Defensor.

Durante la temporada 2026 de la Campeonato Paulista A3 brasileño, Jonathan da Cruz Silva participó en 1 partidos, con un promedio de 0 entradas, 0 intercepciones y 0 despejes por partido, además de bloquear 0 tiros por partido.