Actualmente juega para el Guastatoya, con el dorsal 6. Juega principalmente en la posición de Centrocampista.

En 14 presencias en la temporada 2025-2026 de la Liga Nacional de Guatemala, Jonathan Estrada registró 0 goles y 0 asistencias, además de completar 0 pases clave de un total de 0 pases con una precisión de pases de -.