Actualmente juega para el Cúcuta Deportivo, con el dorsal 19. Juega principalmente en la posición de Defensor.

Durante la temporada 2025-2026 de la Primera División de El Salvador, Jonathan Tapia Reyes participó en 3 partidos, con un promedio de 0 entradas, 0 intercepciones y 0 despejes por partido, además de bloquear 0 tiros por partido.