Actualmente juega para el Phonix Lübeck, con el dorsal 10. Juega principalmente en la posición de Delantero. Su valor de mercado actual se estima en 125K €.

Su último movimiento fue un del SV Eichede al Phonix Lubeck el 2022-07-01.

En la temporada 2025-2026 de la Regionalliga alemana, Jonathan Stöver marcó 2 goles y dio 0 asistencias en 3 presencias, con un promedio de 0.7 goles por partido, 0 tiros intentados y 0 tiros al palmarés.