Actualmente juega para el Sportivo Ameliano, con el dorsal 6. Juega principalmente en la posición de Centrocampista. Mide 179 cm y pesa 76 kg.

En 8 presencias en la temporada 2026 de la Primera División Paraguaya, Jonathan Daniel Benítez Benítez registró 0 goles y 0 asistencias, además de completar 3 pases clave de un total de 289 pases con una precisión de pases de 27.9.