Actualmente juega para el SL Benfica B, con el dorsal 55. Juega principalmente en la posición de Defensor. Su pie preferido es el Derecho. Su valor de mercado actual se estima en 600K €.

Su último movimiento fue un del Benfica U23 al SL Benfica B el 2024-08-01.

Durante la temporada 2025-2026 de la Liga Portugal 2, João Fonseca participó en 20 partidos, con un promedio de 1.1 entradas, 1 intercepciones y 2.9 despejes por partido, además de bloquear 0.2 tiros por partido.