Actualmente juega para el Managua FC, con el dorsal 24. Juega principalmente en la posición de Defensor.

Durante la temporada 2026 de la Liga Primera de Nicaragua, Jefferson Bonilla Mendoza participó en 9 partidos, con un promedio de 0 entradas, 0 intercepciones y 0 despejes por partido, además de bloquear 0 tiros por partido.