Actualmente juega para el Atlético de Madrid B, con el dorsal 4. Juega principalmente en la posición de Defensor. Su valor de mercado actual se estima en 1000K €.

Su último movimiento fue un del Atletico de Madrid U19 al Atletico de Madrid B el 2023-07-01.

Durante la temporada 2025-2026 de la Primera División RFEF de España, Javier Boñar participó en 24 partidos, con un promedio de 0 entradas, 0 intercepciones y 0 despejes por partido, además de bloquear 0 tiros por partido.