Actualmente juega para el Carl Zeiss Jena, con el dorsal 24. Juega principalmente en la posición de Centrocampista. Su pie preferido es el Derecho. Su valor de mercado actual se estima en 50K €.

Su último movimiento fue un del Carl Zeiss Jena U19 al Carl Zeiss Jena el 2024-07-01.

En 19 presencias en la temporada 2025-2026 de la Regionalliga alemana, Jannes Werner registró 0 goles y 0 asistencias, además de completar 0 pases clave de un total de 0 pases con una precisión de pases de -.