A nivel internacional, representa a la Islas Feroe Sub-21. Juega principalmente en la posición de Defensor.

Durante la temporada 2025-2027 de la Clasificación para el Campeonato de Europa Sub-21 de la UEFA, Jákup Norðoy Vilhelmsen participó en 6 partidos, con un promedio de 0 entradas, 0 intercepciones y 0 despejes por partido, además de bloquear 0 tiros por partido.