Actualmente juega para el Real España, con el dorsal 5. A nivel internacional, representa a la Honduras. Juega principalmente en la posición de Defensor. Su pie preferido es el Derecho. Su valor de mercado actual se estima en 300K €.

Su último movimiento fue un Fichaje Libre del al Real Espana el 2018-01-01.

Durante la temporada 2025-2026 de la Primera División de Honduras, Franklin Flores participó en 26 partidos, con un promedio de 0 entradas, 0 intercepciones y 0 despejes por partido, además de bloquear 0 tiros por partido.