Actualmente juega para el Puebla, con el dorsal 13. Juega principalmente en la posición de Defensor.

Durante la temporada 2025-2026 de la Liga MX de México, Eduardo Navarro participó en 20 partidos, con un promedio de 1.1 entradas, 1.2 intercepciones y 3.2 despejes por partido, además de bloquear 0.1 tiros por partido.