Actualmente juega para el APR FC, con el dorsal 3. A nivel internacional, representa a la Ruanda. Juega principalmente en la posición de Defensor.

Durante la temporada 2026 de la Clasificación para la Copa Mundial de la FIFA (CAF), Claude Niyomugabo participó en 10 partidos, con un promedio de 0.2 entradas, 0 intercepciones y 0.7 despejes por partido, además de bloquear 0 tiros por partido.