Actualmente juega para el Alianza Fútbol Club, con el dorsal 14. Juega principalmente en la posición de Delantero.

En la temporada 2026 de la Categoría Primera A, Charly Villegas González marcó 1 goles y dio 0 asistencias en 8 presencias, con un promedio de 0.1 goles por partido, 6 tiros intentados y 1 tiros al palmarés.