Actualmente juega para el FC Dinamo City, con el dorsal 14. Juega principalmente en la posición de Defensor. Su valor de mercado actual se estima en 250K €.

Su último movimiento fue un del Erzeni al FC Dinamo City el 2024-07-31.

Durante la temporada 2025-2026 de la Superliga de Albania, Bekim Maliqi participó en 17 partidos, con un promedio de 0 entradas, 0 intercepciones y 0 despejes por partido, además de bloquear 0 tiros por partido.