Actualmente juega para el Coquimbo Unido, con el dorsal 1. Juega principalmente en la posición de Portero. Su valor de mercado actual se estima en 250K €.

Su último movimiento fue un Fichaje Libre del Deportes Santa Cruz al Coquimbo Unido el 2024-12-31.

En la temporada 2026 de la Liga de Primera de Chile, Gonzalo Flores jugó 4 partidos, con un promedio de 0 intercepciones, 0 entradas y 0 despejes por partido.